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使用head命令查看前10行:head n 10 droplet_metadata.csv使用wc l查看文件的行数:wc l droplet_annotation.csv练习:FACS和10X数据中各有多少细胞有注释信息?答案: FACS : 54,838 cells; Droplet : 42,193 cells读入数据 (Smartseq2)读入逗号分隔的count matrix,存储为数据框:dat = read.delim("FACS/Kidneycounts.csv", sep=",", header=TRUE)dat[1:5,1:5]数据库第一列是基因名字,把它移除作为列名字:dim(dat)rownames(dat) < dat[,1]dat < dat[,1]这是Smartseq2数据集,可能含有spikeins:rownames(dat)[grep("^ERCC", rownames(dat))]从列名字中提取metadata信息:cellIDs < colnames(dat)cell_info < strsplit(cellIDs, "\\.")Well < lapply(cell_info, function(x){x[1]})Well < unlist(Well)Plate < unlist(lapply(cell_info, function(x){x[2]}))Mouse < unlist(lapply(cell_info, function(x){x[3]}))检测每种metadata类型的数据分布:summary(factor(Mouse))查看有没有技术因子是cofounded,实验批次与供体小鼠批次一致:table(Mouse, Plate)最后读入计算预测的细胞类型注释,并与表达矩阵中的细胞注释做比较:ann < read.table("FACS_annotations.csv", sep=",", header=TRUE)ann < ann[match(cellIDs, ann[,1]),]celltype < ann[,3]table(celltype)构建scater对象为了构建SingleCellExperiment对象,先把所有的细胞注释放到一个数据框中。如果测试时达不到标准时间也不用着急,可以通过循序渐进、逐步训练的方法来提高。我来正逢秋雨节,阴气晦味无清风。

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